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"Análise do perfil de expressão gênica do linfoma de células do manto em fase leucêmica com microarrays de oligonucleotídeos"; "Gene expression profiling of mantle cell lymhoma in leukemic phase with oligonucleotide microarrays"

Rizzatti, Edgar Gil
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 31/01/2005 Português
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36.95%
O linfoma de células do manto é associado à translocação t(11;14)(q13;q32) e à hiperexpressão da ciclina D1. Os pacientes com linfoma de células do manto apresentam-se com doença avançada ao diagnóstico e a fase leucêmica da doença é observada em cerca de um terço dos casos. Os linfócitos B virgens pré-centro germinativo, que ocupam a zona do manto dos folículos linfóides secundários, constituem a origem celular do linfoma de células do manto. A hiperexpressão da ciclina D1, por si só, não é suficiente para a patogênese da neoplasia, e a elucidação das alterações moleculares adicionais poderá fundamentar novas estratégias terapêuticas. Nesse contexto, os métodos de estudo do perfil de expressão gênica em larga escala têm potencial para auxiliar na descoberta dessas alterações moleculares adicionais. Todavia, nos estudos que empregaram esses métodos até o momento, o material genético foi obtido de amostras de gânglios acometidos pelo tumor, que contêm uma proporção variável de células normais do estroma do tecido linfóide. Por isso, ainda não se sabe quais dos genes identificados como alterados no linfoma de células do manto são específicos das células linfomatosas, e quais são dependentes das células normais que perfazem o estroma do gânglio. Com o objetivo de elucidar as alterações moleculares do linfoma de células do manto em nível celular...

Análise de dados de expressão gênica: normalização de microarrays e modelagem de redes regulatórias; Gene expression data analysis: microarrays and regulatory networks modelling

Fujita, André
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 10/08/2007 Português
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A análise da expressão gênica através de dados gerados em experimentos de microarrays de DNA vem possibilitando uma melhor compreensão da dinâmica e dos mecanismos envolvidos nos processos celulares ao nível molecular. O aprimoramento desta análise é crucial para o avanço do conhecimento sobre as bases moleculares das neoplasias e para a identificação de marcadores moleculares para uso em diagnóstico, desenho de novos medicamentos em terapias anti-tumorais. Este trabalho tem como objetivos o desenvolvimento de modelos de análise desses dados, propondo uma nova forma de normalização de dados provenientes de microarrays e dois modelos para a construção de redes regulatórias de expressão gênica, sendo uma baseada na conectividade dinâmica entre diversos genes ao longo do ciclo celular e a outra que resolve o problema da dimensionalidade, em que o número de experimentos de microarrays é menor que o número de genes. Apresenta-se, ainda, um pacote de ferramentas com uma interface gráfica de fácil uso contendo diversas técnicas de análise de dados já conhecidas como também as abordagens propostas neste trabalho.; The analyses of DNA microarrays gene expression data are allowing a better comprehension of the dynamics and mechanisms involved in cellular processes at the molecular level. In the cancer field...

Experimentos de microarrays e teoria da resposta ao item; Microarryas experiments and Iten Response Theory

Neves, Carlos Eduardo
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: dissertação de mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 25/02/2010 Português
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Recentemente desenvolvida, a biotecnologia denominada por Microarrays permite o monitoramento simultâneo dos valores de expressão gênica de centenas de milhares de genes, fator este que traz uma nova interpretação aos resultados obtidos em pesquisas desenvolvidas nas mais diversas áreas do conhecimento incluindo, por exemplo, a Farmacologia e Medicina, uma vez que os resultados obtidos são interpretados ao nível molecular. Contudo, apesar de muita tecnologia ser empregada à técnica de Microarrays, sua aplicação ainda ocasiona algumas complicações decorrentes, por exemplo, das inúmeras fontes de variação existentes, da escala das respostas ou da natural dificuldade de se analisar uma grande quantidade de fragmentos genéticos avaliados sob poucas unidades experimentais. Frente a estas complicações, atualmente, muitas são as propostas metodológicas de análises estatísticas para atenuar ou eliminar os problemas inerentes à técnica de Microarrays e propiciar a extração de resultados mais confiáveis a partir dos valores de expressão gênica, porém muitos desafios ainda persistem. Sob esta colocação, o presente trabalho procurou explorar duas metodologias de análise estatística alternativas no que diz respeito a seus conceitos...

Estudos de expressão gênica utilizando-se microarrays: delineamento, análise, e aplicações na pesquisa zootécnica

Rosa, Guilherme Jordão de Magalhães; Rocha, Leonardo Bernardes da; Furlan, Luiz Roberto
Fonte: Sociedade Brasileira de Zootecnia Publicador: Sociedade Brasileira de Zootecnia
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: 186-209
Português
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Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq); A tecnologia de microarrays, ou microarranjos de DNA, possibilita a avaliação simultânea da expressão de milhares de genes em diferentes tecidos em determinado organismo, em diferentes estágios de desenvolvimento ou condições ambientais. Microarrays são bastante utilizados em experimentos de genômica funcional com diversas espécies animais e vegetais, e têm sido gradativamente incorporados em diferentes áreas da pesquisa zootécnica, como crescimento e metabolismo, resposta imune a doenças, reprodução e resposta a fatores de estresse não-infecciosos (restrição alimentar, exposição a elementos tóxicos e outras condições ambientais desfavoráveis), bem como melhoramento genético animal. Tais experimentos, entretanto, são ainda consideravelmente caros, como consequência, geralmente são conduzidos com tamanhos amostrais relativamente pequenos. Por outro lado, a realização dos experimentos com microarrays, desde a coleta das amostras, até a obtenção das imagens para análise, envolve uma série de procedimentos laboratoriais de alta complexidade, que frequentemente introduzem variações adicionais aos resultados obtidos. Desta maneira...

Avaliação global de transcritos associados ao envelhecimento da epiderme humana utilizando microarranjos de DNA = : Global evaluation of transcripts associated to human epidermal aging with DNA microarrays; Global evaluation of transcripts associated to human epidermal aging with DNA microarrays

Márcio Lorencini
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 31/01/2014 Português
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Com o aumento do tempo de vida da população humana muitas modalidades médicas, incluindo a dermatologia, deparam-se com uma revolução na forma de garantir saúde e qualidade de vida aos pacientes. Em contato com o ambiente externo, a pele representa um órgão no qual as mudanças com o envelhecimento causam danos funcionais, além de potencial impacto estético e psicossocial. A epiderme, camada mais externa da pele, constitui uma barreira seletiva com destacada capacidade de renovação e manutenção da homeostasia corporal. Entretanto, o entendimento de diversos mecanismos associados à fisiologia e envelhecimento da epiderme permanece como desafio para a comunidade científica. Com base nesse cenário, o objetivo do presente trabalho foi compreender o atual estado da arte no tema de envelhecimento da epiderme e realizar experimentos voltados para lacunas existentes, com foco na integração de aspectos clínicos, fisiológicos, morfológicos, celulares e moleculares. O capítulo de abertura descreve uma avaliação global de transcritos associados ao envelhecimento da epiderme humana, com a técnica de microarranjos de DNA e coleta não invasiva com fitas adesivas. O estudo indica características moleculares específicas do fotoenvelhecimento epidermal...

Estudo comparativo da expressão génica por tecnologia de microarrays em pacientes com varicocelo

Neto, Ana Paula Soares Pais
Tipo: masterthesis
Português
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Dissertação de Mestrado em Genética Molecular, Comparativa e Tecnológica; O varicocelo e uma lesão vascular do sistema reprodutor masculino, caracterizado pela dilatação e tortuosidade da veia espermática. A sua prevalência e aproximadamente 15% a 20% entre a população geral e 30% a 40% em homens inférteis. O varicocelo afecta predominantemente o testículo esquerdo, com uma prevalência de 90% podendo ser detectado bilateralmente em 10% dos pacientes. E a patologia cirurgicamente corrigível mais comum entre os homens inférteis. A patogénese das lesões testiculares ou o mecanismo pelo qual o varicocelo origina disfunção nos espermatozoides, não esta ainda claramente identificada. Consistiu objectivo deste estudo, avaliar o perfil de expressão génica pela tecnologia de microarrays e validação através de Real-time PCR, em pacientes com varicocelo. Foram analisados pares de biopsias testiculares (pré-cirurgia e pós-cirurgia) de dois pacientes. O RNA foi processado para ser usado num GeneChip Human Genome U133A 2.0 array (Affymetrix). Apenas genes com 2 fold change (de expressão entre a pré e a pós-cirurgia) foram considerados para análise. A expressão dos genes selecionados das bases de dados foi avaliada por Real-time PCR usando TaqMan® Gene Expression Assay. A análise dos resultados foi efectuada pelo método comparativo de Ct (??Ct). O método das curvas padrão relativas apenas foi usado para comparar os resultados obtidos pelo primeiro método e avaliar a eficiência de reaccão de cada gene. A análise de microarrays demonstrou um aumento dos níveis de expressão apos a cirurgia em 215 e 52 genes no PACIENTE 1 e 2...

Estudos de expressão gênica utilizando-se microarrays: delineamento, análise, e aplicações na pesquisa zootécnica

Rosa,Guilherme Jordão de Magalhães; Rocha,Leonardo Bernardes da; Furlan,Luiz Roberto
Fonte: Sociedade Brasileira de Zootecnia Publicador: Sociedade Brasileira de Zootecnia
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/07/2007 Português
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36.95%
A tecnologia de microarrays, ou microarranjos de DNA, possibilita a avaliação simultânea da expressão de milhares de genes em diferentes tecidos em determinado organismo, em diferentes estágios de desenvolvimento ou condições ambientais. Microarrays são bastante utilizados em experimentos de genômica funcional com diversas espécies animais e vegetais, e têm sido gradativamente incorporados em diferentes áreas da pesquisa zootécnica, como crescimento e metabolismo, resposta imune a doenças, reprodução e resposta a fatores de estresse não-infecciosos (restrição alimentar, exposição a elementos tóxicos e outras condições ambientais desfavoráveis), bem como melhoramento genético animal. Tais experimentos, entretanto, são ainda consideravelmente caros, como consequência, geralmente são conduzidos com tamanhos amostrais relativamente pequenos. Por outro lado, a realização dos experimentos com microarrays, desde a coleta das amostras, até a obtenção das imagens para análise, envolve uma série de procedimentos laboratoriais de alta complexidade, que frequentemente introduzem variações adicionais aos resultados obtidos. Desta maneira, a condução de ensaios com microarrays requer cuidadoso delineamento experimental e análise estatística dos dados. Nesta apresentação são discutidos princípios básicos do planejamento de ensaios com microarrays...

Uso de microarrays na busca de perfis de expressão gênica: aplicação no estudo de fenótipos complexos

Guindalini,Camila; Tufik,Sergio
Fonte: Associação Brasileira de Psiquiatria - ABP Publicador: Associação Brasileira de Psiquiatria - ABP
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/12/2007 Português
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36.73%
Com o advento do seqüenciamento de genoma humano, novas tecnologias foram desenvolvidas e despontaram como promissoras ferramentas metodológicas e científicas para o avanço na compreensão dos mecanismos envolvidos em várias doenças complexas. Dentre elas, a técnica de análise em larga escala (conhecida como microarrays ou chips de DNA) é particularmente eficaz em permitir uma visão global na busca de padrões de expressão gênica em amostras biológicas. Por meio da determinação da expressão de milhares de genes simultaneamente, a promissora tecnologia permite que pesquisadores comparem o comportamento molecular de diversos tipos de linhagens celulares e tecidos diferentes, quando expostos a uma determinada condição patológica ou experimental. A aplicação do método pode trazer novas perspectivas de análise de processos fisiológicos e facilitar a identificação de marcadores moleculares para o diagnóstico, prognóstico e para o tratamento farmacológico atual. Nesse artigo, apresentaremos conceitos teóricos e metodológicos que permeiam a tecnologia de microarrays, assim como suas vantagens, perspectivas e direcionamentos futuros. Com o intuito de exemplificar sua aplicabilidade e eficiência no estudo de fenômenos complexos...

Restriction site tagged (RST) microarrays: a novel technique to study the species composition of complex microbial systems

Zabarovsky, Eugene R.; Petrenko, Lev; Protopopov, Alexei; Vorontsova, Olga; Kutsenko, Alexey S.; Zhao, Yanyan; Kilosanidze, Gelena; Zabarovska, Veronika; Rakhmanaliev, Elian; Pettersson, Bertil; Kashuba, Vladimir I.; Ljungqvist, Olle; Norin, Elisabeth; Mi
Fonte: Oxford University Press Publicador: Oxford University Press
Tipo: text
Publicado em 15/08/2003 Português
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We have developed a new type of microarray, restriction site tagged (RST), for example NotI, microarrays. In this approach only sequences surrounding specific restriction sites (i.e. NotI linking clones) were used for generating microarrays. DNA was labeled using a new procedure, NotI representation, where only sequences surrounding NotI sites were labeled. Due to these modifications, the sensitivity of RST microarrays increases several hundred-fold compared to that of ordinary genomic microarrays. In a pilot experiment we have produced NotI microarrays from Gram-positive and Gram-negative bacteria and have shown that even closely related Escherichia coli strains can be easily discriminated using this technique. For example, two E.coli strains, K12 and R2, differ by less than 0.1% in their 16S rRNA sequences and thus the 16S rRNA sequence would not easily discriminate between these strains. However, these strains showed distinctly different hybridization patterns with NotI microarrays. The same technique can be adapted to other restriction enzymes as well. This type of microarray opens the possibility not only for studies of the normal flora of the gut but also for any problem where quantitative and qualitative analysis of microbial (or large viral) genomes is needed.

DNA microarrays on a dendron-modified surface improve significantly the detection of single nucleotide variations in the p53 gene

Oh, Soon Jin; Ju, Jimin; Kim, Byung Chul; Ko, Eunsil; Hong, Bong Jin; Park, Jae-Gahb; Park, Joon Won; Choi, Kwan Yong
Fonte: Oxford University Press Publicador: Oxford University Press
Tipo: text
Português
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Selectivity and sensitivity in the detection of single nucleotide polymorphisms (SNPs) are among most important attributes to determine the performance of DNA microarrays. We previously reported the generation of a novel mesospaced surface prepared by applying dendron molecules on the solid surface. DNA microarrays that were fabricated on the dendron-modified surface exhibited outstanding performance for the detection of single nucleotide variation in the synthetic oligonucleotide DNA. DNA microarrays on the dendron-modified surface were subjected to the detection of single nucleotide variations in the exons 5–8 of the p53 gene in genomic DNAs from cancer cell lines. DNA microarrays on the dendron-modified surface clearly discriminated single nucleotide variations in hotspot codons with high selectivity and sensitivity. The ratio between the fluorescence intensity of perfectly matched duplexes and that of single nucleotide mismatched duplexes was >5–100 without sacrificing signal intensity. Our results showed that the outstanding performance of DNA microarrays fabricated on the dendron-modified surface is strongly related to novel properties of the dendron molecule, which has the conical structure allowing mesospacing between the capture probes. Our microarrays on the dendron-modified surface can reduce the steric hindrance not only between the solid surface and target DNA...

A General Framework for Designing and Validating Oligomer-Based DNA Microarrays and Its Application to Clostridium acetobutylicum? †

Paredes, Carlos J.; Senger, Ryan S.; Spath, Iwona S.; Borden, Jacob R.; Sillers, Ryan; Papoutsakis, Eleftherios T.
Fonte: American Society for Microbiology Publicador: American Society for Microbiology
Tipo: text
Português
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26.95%
While DNA microarray analysis is widely accepted as an essential tool for modern biology, its use still eludes many researchers for several reasons, especially when microarrays are not commercially available. In that case, the design, construction, and use of microarrays for a sequenced organism constitute substantial, time-consuming, and expensive tasks. Recently, it has become possible to construct custom microarrays using industrial manufacturing processes, which offer several advantages, including speed of manufacturing, quality control, no up-front setup costs, and need-based microarray ordering. Here, we describe a strategy for designing and validating DNA microarrays manufactured using a commercial process. The 22K microarrays for the solvent producer Clostridium acetobutylicum ATCC 824 are based on in situ-synthesized 60-mers employing the Agilent technology. The strategy involves designing a large library of possible oligomer probes for each target (i.e., gene or DNA sequence) and experimentally testing and selecting the best probes for each target. The degenerate C. acetobutylicum strain M5 lacking the pSOL1 megaplasmid (with 178 annotated open reading frames [genes]) was used to estimate the level of probe cross-hybridization in the new microarrays and to establish the minimum intensity for a gene to be considered expressed. Results obtained using this microarray design were consistent with previously reported results from spotted cDNA-based microarrays. The proposed strategy is applicable to any sequenced organism.

EP7 Protein Microarrays

Brock, R.; Utz, P.
Fonte: The Association of Biomolecular Resource Facilities Publicador: The Association of Biomolecular Resource Facilities
Tipo: text
Publicado em /02/2007 Português
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26.95%
In the analysis of gene expression, DNA microarrays have found widespread application. However, expression on the mRNA level does not provide an accurate account of the functional state of a cell or tissue. First, mRNA levels do not reflect expression levels of proteins. Second, proteins are subject to a variety of post-translational modifications and enter into dynamically regulated molecular complexes. Because of their relative ease of handling, microarray-based approaches are gaining significance for the highly parallel analysis of proteins, complementing the more established proteomics approaches, such as mass spectrometry and gel electrophoresis. However, in comparison to DNA microarrays, protein microarrays are confronted with two major challenges: First, proteins possess very different physico-chemical characteristics, and activity depends on the preservation of their native conformation. Second, it is more difficult to identify a specific binder for a protein than to generate a highly specific DNA probe. To this point, protein array technology has focused on applications in auto-immunity, cancer, and microbiology. Many labs have collectively constructed arrays for studying three major classes of biomolecules: antibodies, cytokines and chemokines...

A model of base-call resolution on broad-spectrum pathogen detection resequencing DNA microarrays

Malanoski, Anthony P.; Lin, Baochuan; Stenger, David A.
Fonte: Oxford University Press Publicador: Oxford University Press
Tipo: text
Português
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26.92%
Oligonucleotide microarrays offer the potential to efficiently test for multiple organisms, an excellent feature for surveillance applications. Among these, resequencing microarrays are of particular interest, as they possess additional unique capabilities to track pathogens’ genetic variations and perform detailed discrimination of closely related organisms. However, this potential can only be realized if the costs of developing the detection microarray are kept at a manageable level. Selection and verification of the probes are key factors affecting microarray design costs that can be reduced through the development and use of in silico modeling. Models created for other types of microarrays do not meet all the required criteria for this type of microarray. We describe here in silico methods for designing resequencing microarrays targeted for multiple organism detection. The model development presented here has focused on accurate base-call prediction in regions that are applicable to resequencing microarrays designed for multiple organism detection, a variation from other uses of a predictive model in which perfect prediction of all hybridization events is necessary. The model will assist in simplifying the design of resequencing microarrays and in reduction of the time and costs required for their development for new applications.

Emerging Use of Gene Expression Microarrays in Plant Physiology

Wullschleger, Stan D.; Difazio, Stephen P.
Fonte: Hindawi Publishing Corporation Publicador: Hindawi Publishing Corporation
Tipo: text
Publicado em /04/2003 Português
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26.95%
Microarrays have become an important technology for the global analysis of gene expression in humans, animals, plants, and microbes. Implemented in the context of a well-designed experiment, cDNA and oligonucleotide arrays can provide highthroughput, simultaneous analysis of transcript abundance for hundreds, if not thousands, of genes. However, despite widespread acceptance, the use of microarrays as a tool to better understand processes of interest to the plant physiologist is still being explored. To help illustrate current uses of microarrays in the plant sciences, several case studies that we believe demonstrate the emerging application of gene expression arrays in plant physiology were selected from among the many posters and presentations at the 2003 Plant and Animal Genome XI Conference. Based on this survey, microarrays are being used to assess gene expression in plants exposed to the experimental manipulation of air temperature, soil water content and aluminium concentration in the root zone. Analysis often includes characterizing transcript profiles for multiple post-treatment sampling periods and categorizing genes with common patterns of response using hierarchical clustering techniques. In addition, microarrays are also providing insights into developmental changes in gene expression associated with fibre and root elongation in cotton and maize...

Progress of Science from Microscopy to Microarrays (Part 1): Diagnosis of Parasitic Diseases

Dey, Ayan; Singh, Sarman
Fonte: Medknow Publications Publicador: Medknow Publications
Tipo: text
Publicado em //2009 Português
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26.92%
Even though description of the magnifying glass goes back to 1021 by an Arabic physicist in his book, Antony van Leeuwenhoek was the first man to improve the then simple microscope for viewing biological specimens in 1674. This suggests that every discovery has scope for improvement, be it physics or be it biology. In the field of biology, scientists have long studied gene expression as a hallmark of gene activities reflecting the current cell conditions and response to host immune defense systems. These studies have been cumbersome, technically demanding and time-consuming. Application of microarrays has revolutionized this field and help understand the simultaneous expression of thousands of genes in a single sample put onto a single solid support. It is also now possible to compare gene expression in two different cell types, different stages of life cycle or two tissue samples, such as in healthy and diseased ones. Thus microarrays are beginning to dominate other conventional and molecular diagnostic technologies. The microarrays consist of solid supports onto which the nucleic acid sequences from thousands of different genes are immobilized, or attached at fixed locations. These solid supports themselves are usually glass slides...

Overview of Protein Microarrays

Reymond Sutandy, FX; Qian, Jiang; Chen, Chien-Sheng; Zhu, Heng
Tipo: text
Publicado em /04/2013 Português
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26.92%
Protein microarray is an emerging technology that provides a versatile platform for characterization of hundreds of thousands of proteins in a highly parallel and high-throughput way. Two major classes of protein microarrays are defined to describe their applications: analytical and functional protein microarrays. In addition, tissue or cell lysates can also be fractionated and spotted on a slide to form a reverse-phase protein microarray. While the fabrication technology is maturing, applications of protein microarrays, especially functional protein microarrays, have flourished during the past decade. Here, we will first review recent advances in the protein microarray technologies, and then present a series of examples to illustrate the applications of analytical and functional protein microarrays in both basic and clinical research. The research areas will include detection of various binding properties of proteins, study of protein posttranslational modifications, analysis of host-microbe interactions, profiling antibody specificity, and identification of biomarkers in autoimmune diseases. As a powerful technology platform, it would not be surprising if protein microarrays will become one of the leading technologies in proteomic and diagnostic fields in the next decade.

Applications of Functional Protein Microarrays in Basic and Clinical Research

Zhu, Heng; Qian, Jiang
Tipo: text
Publicado em //2012 Português
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26.92%
The protein microarray technology provides a versatile platform for characterization of hundreds of thousands of proteins in a highly parallel and high-throughput manner. It is viewed as a new tool that overcomes the limitation of DNA microarrays. On the basis of its application, protein microarrays fall into two major classes: analytical and functional protein microarrays. In addition, tissue or cell lysates can also be directly spotted on a slide to form the so-called “reverse-phase” protein microarray. In the last decade, applications of functional protein microarrays in particular have flourished in studying protein function and construction of networks and pathways. In this chapter, we will review the recent advancements in the protein microarray technology, followed by presenting a series of examples to illustrate the power and versatility of protein microarrays in both basic and clinical research. As a powerful technology platform, it would not be surprising if protein microarrays will become one of the leading technologies in proteomic and diagnostic fields in the next decade.

A Guided Materials Screening Approach for Developing Quantitative Sol-gel Derived Protein Microarrays

Helka, Blake-Joseph; Brennan, John D.
Fonte: MyJove Corporation Publicador: MyJove Corporation
Tipo: text
Publicado em 26/08/2013 Português
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26.92%
Microarrays have found use in the development of high-throughput assays for new materials and discovery of small-molecule drug leads. Herein we describe a guided material screening approach to identify sol-gel based materials that are suitable for producing three-dimensional protein microarrays. The approach first identifies materials that can be printed as microarrays, narrows down the number of materials by identifying those that are compatible with a given enzyme assay, and then hones in on optimal materials based on retention of maximum enzyme activity. This approach is applied to develop microarrays suitable for two different enzyme assays, one using acetylcholinesterase and the other using a set of four key kinases involved in cancer. In each case, it was possible to produce microarrays that could be used for quantitative small-molecule screening assays and production of dose-dependent inhibitor response curves. Importantly, the ability to screen many materials produced information on the types of materials that best suited both microarray production and retention of enzyme activity. The materials data provide insight into basic material requirements necessary for tailoring optimal, high-density sol-gel derived microarrays.

Análise in silico de novos potenciais polimorfismos genéticos de risco em Transtornos do Humor em bancos de dados de Microarrays

Barbosa Rodrigues de Souza, Manuela; Ricardo Mendes de Oliveira, João (Orientador)
Fonte: Universidade Federal de Pernambuco Publicador: Universidade Federal de Pernambuco
Tipo: other
Português
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36.6%
Os transtornos do humor compõem um grupo de doenças heterogêneas caracterizadas por alterações na esfera cognitiva das emoções, sentimentos e motivação. Dentre os transtornos do humor a Depressão Maior, a Distimia e o Transtorno Bipolar figuram como os mais prevalentes e estudados. Quanto à sua etiologia os transtornos do humor têm sido associados ao déficit de neurotransmissores como a norepinefrina, dopamina, serotonina, glutamato e ácido gama-aminobutírico (GABA). As variações genéticas podem contribuir para diferenciar atividades protéicas e níveis de expressão gênica em complexos traços genéticos, como transtornos mentais. Assim, os estudos sobre polimorfismos genéticos, nas doenças psiquiátricas são de grande importância para a compreensão dos mecanismos moleculares envolvidos e podem auxiliar no diagnóstico dos mesmos. O objetivo desse estudo é definir os principais polimorfismos envolvidos nos Transtornos do Humor, priorizando genes ligados aos sistemas GABAérgico e Glutamatérgico, através de técnicas de Bioinformática. Para obter os resultados optou-se por utilizar o software CLCbio Workbench Combined® versão 3.6.2., no qual estudos de microarrays de expressão foram usados como a única origem de genes candidatos...

Análise in silico de novos potenciais polimorfismos genéticos de risco na Doença de Alzheimer em bancos de dados de Microarrays

Rodrigues de Lemos, Roberta; Ricardo Mendes de Oliveira, João (Orientador)
Fonte: Universidade Federal de Pernambuco Publicador: Universidade Federal de Pernambuco
Tipo: other
Português
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36.6%
Estudos de genômica e proteômica sobre fatores de risco associados à desordens neurodegenerativas requerem urgentemente proposições de abordagens complementares para integrar a grande quantidade de dados gerados. Neste trabalho foi proposto uma metodologia que envolve ferramentas de Bioinformática, no qual estudos de microarrays de expressão foram usados como a única origem de genes candidatos, para revelar variações novas, a partir de seqüências públicas de Expressed site tags (ESTs). Foram selecionados nove genes, sete de um estudo de tecido do hipocampo área Cornu Ammonis (CA1) e dois do tecido do lóbulo parietal inferior (IPL) ambos de pacientes com Doença de Alzhiemer (DA), a maioria desses genes está envolvido com o sistema imune, escolhidos neste trabalho por fazer parte de um das linhas de pesquisa do grupo. O CLCbio Workbench Combined® versão 3.6.2. foi inicialmente usado para construção do banco de dados de ESTs e recuperação dos arquivos de RNAm respectivamente a partir do Golden path of University of California Santa Cruz (UCSC) e National Center for Biotechnology Information (NCBI), na etapa seguinte foram realizados múltiplos alinhamentos e o algoritmo usado foi o Smith-Waterman. Um total de 479 seqüências de ESTs foram selecionadas depois da aplicação de parâmetros apropriados de estringência utilizados para minimizar erros de alinhamentos. A anotação revelou várias classes de variações...