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Modeling soil organic carbon dynamics in Oxisols of Ibiruba (Brazil) with the Century Model

TORNQUIST, Carlos Gustavo; MIELNICZUK, Joao; CERRI, Carlos Eduardo Pellegrino
Fonte: ELSEVIER SCIENCE BV Publicador: ELSEVIER SCIENCE BV
Tipo: Artigo de Revista Científica
Português
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introduction of conservation practices in degraded agricultural land will generally recuperate soil quality, especially by increasing soil organic matter. This aspect of soil organic C (SOC) dynamics under distinct cropping and management systems can be conveniently analyzed with ecosystem models such as the Century Model. In this study, Century was used to simulate SOC stocks in farm fields of the Ibiruba region of north central Rio Grande do Sul state in Southern Brazil. The region, where soils are predominantly Oxisols, was originally covered with subtropical woodlands and grasslands. SOC dynamics was simulated with a general scenario developed with historical data on soil management and cropping systems beginning with the onset of agriculture in 1900. From 1993 to 2050, two contrasting scenarios based on no-tillage soil management were established: the status quo scenario, with crops and agricultural inputs as currently practiced in the region and the high biomass scenario with increased frequency of corn in the cropping system, resulting in about 80% higher biomass addition to soils. Century simulations were in close agreement with SOC stocks measured in 2005 in the Oxisols with finer texture surface horizon originally under woodlands. However...

Flexibility and modeling in business processes: a multi-dimensional relationship

Albuquerque, João Porto de
Fonte: Fundação Getulio Vargas; São Paulo Publicador: Fundação Getulio Vargas; São Paulo
Tipo: Artigo de Revista Científica
Português
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35.93%
Over the last few years, Business Process Management (BPM) has achieved increasing popularity and dissemination. An analysis of the underlying assumptions of BPM shows that it pursues two apparently contradicting goals: on the one hand it aims at formalising work practices into business process models; on the other hand, it intends to confer flexibility to the organization - i.e. to maintain its ability to respond to new and unforeseen situations. This paper analyses the relationship between formalisation and flexibility in business process modelling by means of an empirical case study of a BPM project in an aircraft maintenance company. A qualitative approach is adopted based on the Actor-Network Theory. The paper offers two major contributions: (a) it illustrates the sociotechnical complexity involved in BPM initiatives; (b) it points towards a multidimensional understanding of the relation between formalization and flexibility in BPM projects.

Modelagem sistêmica do processo de melhoria contínua de processos industriais utilizando o método seis sigma e redes de Petri.; Systemic modeling of industrial processes continuous improvement through Six Sigma method and Petri nets.

Mororó, Bruno Oliveira
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: dissertação de mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 24/10/2008 Português
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36.04%
A globalização reforça a necessidade das empresas aprimorarem seus processos e produtos continuamente para se manterem competitivas e atenderem às expectativas de um mercado dinâmico e de acionistas cada vez mais exigentes, que buscam maximizar seus lucros. A melhoria contínua acima mencionada não se refere apenas à qualidade percebida pelo consumidor final, mas também à qualidade e confiabilidade dos processos de produção. Desta forma, quando as empresas têm melhores processos, melhores são os produtos originados e também os seus custos. Porém, a questão é como esses processos são modelados na fase de projeto e como ferramentas de qualidade, sobretudo o Seis Sigma metodologia mais em voga na atualidade podem utilizar tais modelos para obter melhores resultados. Essa dissertação propõe a utilização de ferramentas de modelagem e simulação tais como as Redes de Petri para modelagem de processos produtivos fornecem um modelo formal para a representação de sistemas de produção, capturando aspectos inerentes a tais sistemas como concorrência, paralelismo e sincronização suportando a aplicação da metodologia Seis Sigma, a qual geralmente atua somente no nível de melhoria do processo produtivo e não do projeto que o originou. Dessa forma...

Proposta de método para gestão de requisitos de sistemas integrando modelagem de negócio e linguagens formais.; Proposal for management system requirements method integrating business modeling and formal languages.

Oliveira, Valter Castelhano de
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: dissertação de mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 23/10/2008 Português
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Apesar das novas e efetivas técnicas de engenharia de software, os projetos de desenvolvimento de sistemas estão propensos a ter os mesmos problemas que acometem o software de apoio à gestão. Entrega com atraso, acima do orçamento e não suprindo as reais necessidades dos usuários finais ou da organização que está financiando o desenvolvimento do sistema, são os principais problemas. Esse último problema é o que mais afeta o desenvolvimento de sistemas e é um desafio para que o desenvolvimento personalizado seja uma solução real para várias empresas. Este trabalho apresenta uma proposta de método de gestão que auxilie a comunicação entre as atividades associadas à engenharia de requisitos e as atividades associadas à modelagem dos processos de negócio. Essa abordagem concerne à gestão e tratamento de requisitos de sistemas baseando-se em técnicas de engenharia de processos de negócios e de engenharia de requisitos, no processo unificado de desenvolvimento de software e na utilização de linguagens semi-formais e formais de modelagem, UML e SysML respectivamente. O método pretende mitigar os efeitos dos problemas de comunicação existentes entre os diversos integrantes de um projeto, com especial atenção para a comunicação entre a equipe de requisitos do projeto e os stakeholders responsáveis pela aceitação e aprovação do sistema. A pesquisa...

Modelagem numérica da dispersão da pluma do emissário submarino de Santos; NUMERICAL MODELING OF SEWAGE PLUME DISPERSION FOR THE SANTOS OUTFALL

Gregorio, Helvio Prevelato
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: dissertação de mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 19/11/2009 Português
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A dispersão dos efluentes do emissário submarino de Santos foi estudada por meio de modelagem numérica, acoplando-se modelos hidrodinâmico, de dispersão no campo próximo e no campo distante. As simulações foram realizadas para o projeto original do emissário de 1979, para a nova configuração de 2009 e para terceiro arranjo sugerido por este estudo, que dobra o comprimento do duto em relação ao projeto original. As diluições foram modeladas em cenários ambientais com propriedades marinhas e estuarinas climatológicas de verão, juntamente com forçantes atmosféricas climatológicas da mesma estação, simulando ausência de vento, presença de vento médio e presença de vento médio seguido por passagem de frente fria climatológica (obtida por este estudo). Com as devidas validações do modelo hidrodinâmico, a diluição, tanto no campo próximo quanto no campo distante, foi fortemente regida pela estratificação da coluna dágua e pela velocidade das correntes. O cenário sem vento apresentou as maiores estratificações, menores velocidades e originou as menores diluições em oposição ao cenário que simulou a passagem de frente fria. Dentre os projetos de emissário analisados, aquele proposto por este estudo apresentou plumas com menores comprimentos horizontais e menores profundidades...

Gestão de execução do portfólio de obras de planejamento das empresas distribuidoras usando modelagem de financiamento.; Implementation of portfolio management works planning distribution companies using modeling funding.

David, André Luís de Castro
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 09/05/2013 Português
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Este trabalho tem como objetivo descrever a implantação de um modelo para obtenção de sucesso na execução de obras oriundas do Planejamento de Distribuição, de forma a obter os benefícios integrais que as mesmas devem trazer tanto ao sistema elétrico como também à vida técnica e financeira da Distribuidora. Além de dotar as Distribuidoras de um mecanismo que possa atuar na otimização de seus custos, necessidade fundamental antes da publicação da Medida Provisória nº 579 de 11 de setembro de 2012 que dispõem sobre - Concessões de Geração, Transmissão e Distribuição de energia elétrica, sobre a redução de encargos setoriais, sobre a modicidade tarifária - que pressionam ainda mais as Distribuidoras na busca de soluções inovadoras e de impacto para buscar o equilíbrio de caixa. Considerando que o modelo atual de contratação de obras leva as Distribuidoras a não conseguirem executar toda a programação recomendada pelo Planejamento em função da falta de materiais ou por problemas vinculados à contratação das obras, não são obtidos os benefícios que a Distribuidora teria com a sua execução, pelo contrário, os atrasos causam prejuízos, atendimento deficiente, degradação da rede, etc. Desta forma o processo de gestão proposto é utilizado em um conjunto de obras determinadas pelo Planejamento...

Modelagem e design de sistemas de serviço para automação.; Modeling and design of service systems for automation.

Oliveira, Valter Castelhano de
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 07/06/2013 Português
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O início deste século foi marcado pela mudança de paradigma na economia e nos processos produtivos, migrando de uma orientação a bens materiais para uma orientação a serviço. Ao mesmo tempo, os processos de automação da manufatura e integração de sistemas estão sofrendo alteração, onde modelos clássicos orientados a produto estão sendo substituídos por modelos sustentados por sistemas de informação (eventualmente cognitivos). A tese central deste trabalho é que a abordagem orientada a serviço deve ser baseada na engenharia de sistemas, com sistemas de informação atuando como elementos integradores automatizados do processo de co-criação dos serviços. Neste trabalho são analisadas propostas de formalização e fundamentação (teórica e prática) do processo de design de sistemas de serviço que sigam esta nova tendência, resultando em elementos integradores automatizados. É apresentado um framework, chamado SoftDiss, para especificação de sistema de informação de serviço, orientado a modelos, que provê recursos para os processos de eliciação, modelagem e análise de requisitos, baseado em métodos semi-formais (UML e SOMF) e formais (SysML e Petri Nets), visando antecipar a formalização da especificação e contemplar os diversos viewpoints. O uso do SoftDiss mostra que a utilização de melhores práticas...

Light Steel Framing: uso em construções habitacionais empregando a modelagem virtual como processo de projeto e planejamento; Light Steel Framing: use in residential building employing virtual modeling as design and planning process

Campos, Patricia Farrielo de
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: dissertação de mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 09/05/2014 Português
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O déficit habitacional brasileiro é cada vez maior e os sistemas construtivos utilizados para diminuir a carência de moradias, em sua grande maioria, são lentos e constituídos de forma artesanal. Atualmente, a região brasileira com maior necessidade de unidades habitacionais de baixa renda é a Sudeste, onde se encontra o Estado de São Paulo que representa 19% do déficit habitacional brasileiro. Além disso, o difícil gerenciamento dos projetos envolvidos na construção (arquitetônico, estrutural, elétrico, entre outros), elaborados em diferentes softwares, e a complexa gestão das obras convencionais, em alvenaria, retarda a execução das construções, dificultando a solução do problema habitacional. A utilização do sistema construtivo industrializado Light Steel Framing pode minimizar esse problema, integrando a industrialização na construção civil com as novas tecnologias da informação disponíveis para o mercado da arquitetura, engenharia e construção. Os sistemas construtivos pré-fabricados e industrializados que utilizam o aço, como o Light Steel Framing, quando projetados em plataformas BIM (Building Information Modeling), através de um modelo informativo único, permitem um maior planejamento, partindo do projeto até a fase de fabricação dos componentes da construção. Em função de sua industrialização o Light Steel Framing não permite adaptações e ajustes no canteiro de obras...

Modelagem de requisitos de clientes de empreendimentos habitacionais de interesse social com o uso de BIM; Modeling client requirements for low-income housing with the use of BIM

Baldauf, Juliana Parise; Formoso, Carlos Torres; Miron, Luciana Inês Gomes
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: application/pdf
Português
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36.44%
O gerenciamento de requisitos do cliente visa a melhorar a geração de valor em empreendimentos de construção através de um processo sistemático de captura de requisitos, processamento desta informação, tornando-as explícitas para a equipe de desenvolvimento do produto, bem como controlar se os requisitos de diferentes clientes são atendidos de forma equilibrada. Isto é particularmente importante quando os recursos são limitados, como em empreendimentos habitacionais de interesse social (EHIS). A modelagem dos requisitos dos clientes é complexa, à medida que existe uma grande quantidade de informações qualitativas e é preciso considerar a diversidade de requisitos que normalmente existem entre os diferentes envolvidos no processo. O objetivo deste artigo é propor um método para modelar requisitos de clientes de EHIS com suporte de Building Information Modeling (BIM). Este método foi concebido para apoiar os processos de tomada de decisão durante as fases de desenvolvimento de projeto bem como a avaliação de projetos que já foram entregues. Este artigo está focado nas principais atividades envolvidas na aplicação do método: explorar diferentes abordagens de modelagem de requisitos, estruturar requisitos e utilizar o software dRofus para gerenciar requisitos em distintas etapas de projeto. Uma das principais contribuições do estudo refere-se à estruturação de requisitos genéricos que podem servir de base para o desenvolvimento de novos empreendimentos de habitação de interesse social.; Client requirements management aims to improve value generation in construction projects through a systematic process of capturing requirements...

Proposta de método para modelagem de requisitos de clientes de empreendimentos habitacionais de interesse social usando BIM

Baldauf, Juliana Parise
Tipo: dissertação Formato: application/pdf
Português
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26.4%
O gerenciamento de requisitos do cliente visa melhorar a geração de valor de empreendimentos da construção. Para isto é necessário um processo sistemático de captura de requisitos e processamento destas informações, tornando-as explícitas para a equipe de desenvolvimento do produto, bem como controlar se estas informações são devidamente equilibradas. Isto é particularmente importante quando os recursos são limitados, como em empreendimentos habitacionais de interesse social (EHIS). Este processo envolve uma grande quantidade de informações qualitativas, e é preciso considerar a diversidade de requisitos que normalmente existem entre os diferentes clientes envolvidos no processo. O principal objetivo desta pesquisa é propor um método para modelar os requisitos do cliente de empreendimentos de habitação de interesse social, com o apoio de Building Information Modeling (BIM). Este método foi concebido para apoiar os processos de tomada de decisão durante a fase de projeto, e também a avaliação de projetos que já foram concluídos. A pesquisa foi desenvolvida em três etapas. A primeira teve como objetivo a compreensão do programa habitacional Minha Casa Minha Vida (PMCMV), seleção e treinamento do software para modelagem de requisitos...

DBMODELING - A database applied to the study of protein targets from genome projects

da Silveira, NJF; Bonalumi, C. E.; Uchao, H. B.; Pereira, J. H.; Canduri, F.; de Azevedo, W. F.
Fonte: Humana Press Inc Publicador: Humana Press Inc
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: 366-374
Português
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35.93%
Genome sequencing efforts are providing us with complete genetic blueprints for hundreds of organisms. We are now faced with assigning, understanding, and modifying the functions of proteins encoded by these genomes. DBMODELING is a relational database of annotated comparative protein structure models and their metabolic pathway characterization, when identified. This procedure was applied to complete genomes such as Mycobacteritum tuberculosis and Xylella fastidiosa. The main interest in the study of metabolic pathways is that some of these pathways are not present in humans, which makes them selective targets for drug design, decreasing the impact of drugs in humans. In the database, there are currently 1116 proteins from two genomes. It can be accessed by any researcher at http://www.biocristalografia.df.ibilce.unesp.br/tools/. This project confirms that homology modeling is a useful tool in structural bioinformatics and that it can be very valuable in annotating genome sequence information, contributing to structural and functional genomics, and analyzing protein-ligand docking.

Combined use of modeling techniques for the development of the conceptual model in simulation projects

Montevechi, José Arnaldo Barra; Da Silva Costa, Rafael Florêncio; Leal, Fabiano; De Pinho, Alexandre Ferreira; Marins, Fernando Augusto Silva; Marins, Fábio Ferreira; De Jesus, José Tadeu
Tipo: info:eu-repo/semantics/conferencepaper Formato: 987-995
Português
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36.17%
The objective of this paper is to utilize the SIPOC, flowchart and IDEF0 modeling techniques combined to elaborate the conceptual model of a simulation project. It is intended to identify the contribution of these techniques in the elaboration of the computational model. To illustrate such application, a practical case of a high-end technology enterprise is presented. The paper concludes that the proposed approach eases the elaboration of the computational model. © 2008 IEEE.

Educação estatística no contexto da educação crítica

Campos, Celso Ribeiro; Jacobini, Otávio Roberto; Wodewotzki, Maria Lucia L; Ferreira, Denise H L
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: 473-494
Português
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46.17%
This article deals with the development of three competencies defined and studied in the context of Statistics Education (literacy, thinking and statistical reasoning). These competencies based on interpretation and understanding of critical information from real data are associated with an education geared toward the formation of critical citizenship and are in agreement with the principles that guide Critical Education. In this context, we consider Mathematical Modeling as a concrete possibility for integration between Critical Education and Education Statistics. We show that work with modeling projects in the classroom takes place in a context in which teaching is guided by the fundamentals of Critical Education. We present a project entitled Teaching Statistics and the financial market which illustrates the congruence between the objectives of Education Statistics and Critical Education.

A produção matemática dos alunos em um ambiente de modelagem

Malheiros, Ana Paula dos Santos
Fonte: Universidade Estadual Paulista (UNESP) Publicador: Universidade Estadual Paulista (UNESP)
Tipo: info:eu-repo/semantics/masterthesis Formato: xiv, 180 f. : il., gráfs.
Português
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26.35%
Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq); Pós-graduação em Educação Matemática - IGCE; Nesta pesquisa investiguei como os alunos estão utilizando conteúdos matemáticos em uma disciplina de Cálculo para biólogos onde a Modelagem é um dos enfoques pedagógicos utilizados pelo professor. Para isso, analisei 92 trabalhos de Modelagem desenvolvidos por catorze turmas, distribuídas ao longo de dez anos. A relevância desse estudo se deve ao fato de existir um número reduzido de pesquisas na área de Modelagem tendo a produção matemática dos alunos como foco central. A pesquisa é qualitativa, tendo como procedimentos utilizados a análise documental, observação e análise de vídeo. Os dados já estavam coletados, pois faziam parte do arquivo pessoal do professor que ministrou a disciplina.Foi realizada uma análise geral dos trabalhos e alguns deles foram selecionados, descritos e analisados individualmente, segundo critérios estabelecidos. Temas como Tecnologias da Informação e Comunicação e Experimentação, Conteúdos e Interpretação Matemática, Interdisciplinaridade e Educação Matemática Crítica são destacados e discutidos ao longo da dissertação, pois estão presentes no desenvolvimento dos trabalhos. Foi concluído que conteúdos já aprendidos são utilizados pelos alunos e que novos conceitos associados ao Cálculo Diferencial e Integral podem ser introduzidos e desenvolvidos ao longo da disciplina.; In this study...

Educação matemática online: a elaboração de projetos de modelagem

Malheiros, Ana Paula dos Santos
Fonte: Universidade Estadual Paulista (UNESP) Publicador: Universidade Estadual Paulista (UNESP)
Tipo: Tese de Doutorado Formato: 187 f. : il.
Português
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26.35%
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES); Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP); Pós-graduação em Educação Matemática - IGCE; A presente pesquisa, que teve como pergunta diretriz “Como ocorre a elaboração de projetos de Modelagem ao longo de um curso, realizado totalmente a distância, em um ambiente virtual de aprendizagem?” investigou a elaboração de projetos de Modelagem por professores de Matemática ao longo do curso de extensão universitária “Tendências em Educação Matemática: ênfase em Modelagem Matemática”, realizado totalmente a distância por meio de um ambiente virtual de aprendizagem, o TIDIA-Ae. A abordagem metodológica utilizada foi qualitativa, caracterizada pela harmonia entre a visão de produção do conhecimento, neste caso a visão apoiada no construto teórico seres-humanos-com-mídias, e os procedimentos metodológicos utilizados. Nela, identifico as mídias utilizadas na elaboração dos projetos de Modelagem e quais os papéis das mesmas neste processo. Trago também elementos do trabalho colaborativo neste contexto e identifico quais fatores condicionaram a elaboração completa dos projetos de Modelagem.; The research question addressed in this study was “How does the elaboration of modeling projects take place in the virtual learning environment of a distance course?”. The elaboration of modeling projects by mathematics teachers was studied throughout a university extension course entitled “Trends in Mathematics Education: emphasis on mathematical modeling”...

Algumas interseções entre projetos e modelagem no contexto da Educação Matemática

Malheiros, Ana Paula dos Santos
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: 71-86
Português
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46.41%
In this article we present a theoretical study on possible intersections between MathematicalModeling and Projects regarding mathematics classes. Thus, we report a brief historical perspectiveon the use of Projects within the educational context. We also present a variety of conceptionsand meanings of the words Projects and Modeling. We found that, regarding the conception ofModeling assumed, there are intersections with the elements that form the idea of Projects. Theliterature then shows that essential aspects for the development of a Project are present when oneworks with Modeling. At this intersection, Modeling Projects can be elaborated.; Esse artigo tem como principal objetivo apresentar, partindo de um estudo teórico, algumas interseções existentes entre a Modelagem e os Projetos, quando utilizados nas aulas de Matemática. Nesse sentido, um breve histórico da utilização dos Projetos no contexto educacional é relatado; serão apresentadas algumas de suas concepções e signifi cados, assim como da Modelagem. Concluiu-se que dependendo da concepção de Modelagem adotada, há interseções com os elementos que constituem a ideia de Projetos, visto que o referencial investigado nos mostra que aspectos imprescindíveis para a elaboração de um Projeto...

Investigation of asphaltene precipitation in miscible gas injection processes: experimental study and modeling

Moradi,S.; Dabiri,M.; Dabir,B.; Rashtchian,D.; Emadi,M. A.
Fonte: Brazilian Society of Chemical Engineering Publicador: Brazilian Society of Chemical Engineering
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/09/2012 Português
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35.93%
Asphaltene precipitation during natural depletion and miscible gas injection is a common problem in oilfields throughout the world. In this work, static precipitation tests are conducted to investigate the effects of pressure, temperature and gas type and concentration on asphaltene instability. Three different oil samples have been studied under reservoir conditions with/without nitrogen and methane injection. Besides applying common thermodynamic models, a new scaling equation is presented to predict asphaltene precipitation under HPHT gas injection. Extensive published data from the literature are also used in model development. The scaling approach is attractive because it is simple and complex asphaltene properties are not involved in the calculations. Moreover, the proposed model provides universal parameters for different fluid samples over a wide range of pressure and temperature that makes it novel for evaluation of future gas injection projects when simple PVT data are available.

Return on Scientific Investment ? RoSI: a PMO dynamical index proposal for scientific projects performance evaluation and management

Caous,Cristofer André; Machado,Birajara; Hors,Cora; Zeh,Andrea Kaufmann; Dias,Cleber Gustavo; Amaro Junior,Edson
Fonte: Instituto Israelita de Ensino e Pesquisa Albert Einstein Publicador: Instituto Israelita de Ensino e Pesquisa Albert Einstein
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/06/2012 Português
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36.17%
OBJECTIVE: To propose a measure (index) of expected risks to evaluate and follow up the performance analysis of research projects involving financial and adequate structure parameters for its development. METHODS: A ranking of acceptable results regarding research projects with complex variables was used as an index to gauge a project performance. In order to implement this method the ulcer index as the basic model to accommodate the following variables was applied: costs, high impact publication, fund raising, and patent registry. The proposed structured analysis, named here as RoSI (Return on Scientific Investment) comprises a pipeline of analysis to characterize the risk based on a modeling tool that comprises multiple variables interacting in semi-quantitatively environments. RESULTS: This method was tested with data from three different projects in our Institution (projects A, B and C). Different curves reflected the ulcer indexes identifying the project that may have a minor risk (project C) related to development and expected results according to initial or full investment. CONCLUSION: The results showed that this model contributes significantly to the analysis of risk and planning as well as to the definition of necessary investments that consider contingency actions with benefits to the different stakeholders: the investor or donor...

Mathematical Modeling as a Tool for Investigating Cell Cycle Control Networks

Sible, Jill C.; Tyson, John J.
Tipo: text
Publicado em /02/2007 Português
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36.12%
Although not a traditional experimental “method,” mathematical modeling can provide a powerful approach for investigating complex cell signaling networks, such as those that regulate the eukaryotic cell division cycle. We describe here one approach to modeling the cell cycle based on expressing the rates of biochemical reactions in terms of nonlinear ordinary differential equations (ODEs). We discuss the steps and challenges in assigning numerical values to model parameters and the importance of experimental testing of a mathematical model. We illustrate this approach throughout with the simple and well-characterized example of mitotic cell cycles in frog egg extracts. To facilitate new modeling efforts, we describe several publicly available modeling environments, each with a collection of integrated programs for mathematical modeling. This review is intended to justify the place of mathematical modeling as a standard method for studying molecular regulatory networks and to guide the non-expert to initiate modeling projects to gain a systems-level perspective for complex control systems such as those governing the eukaryotic cell cycle.

Dealing with Diversity in Computational Cancer Modeling

Johnson, David; McKeever, Steve; Stamatakos, Georgios; Dionysiou, Dimitra; Graf, Norbert; Sakkalis, Vangelis; Marias, Konstantinos; Wang, Zhihui; Deisboeck, Thomas Steve
Fonte: Libertas Academica Publicador: Libertas Academica
Tipo: Artigo de Revista Científica
Português
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36.04%
This paper discusses the need for interconnecting computational cancer models from different sources and scales within clinically relevant scenarios to increase the accuracy of the models and speed up their clinical adaptation, validation, and eventual translation. We briefly review current interoperability efforts drawing upon our experiences with the development of in silico models for predictive oncology within a number of European Commission Virtual Physiological Human initiative projects on cancer. A clinically relevant scenario, addressing brain tumor modeling that illustrates the need for coupling models from different sources and levels of complexity, is described. General approaches to enabling interoperability using XML-based markup languages for biological modeling are reviewed, concluding with a discussion on efforts towards developing cancer-specific XML markup to couple multiple component models for predictive in silico oncology.